Die evangelische Kirchengemeinde in Waldkirch entstand mit einer Gemeindeversammlung am 1. Januar 1863. Es dauerte dann aber noch 25 Jahre bis am 27. November 1887 die evangelische Kirche eingeweiht werden konnte. Sie war in Kreuzform erbaut, der Altar stand in einem kurzen Chor.
Von der gründerzeitlichen Ausstattung ist noch erhalten: das Chor-Triptychon von Rudolf Yelin aus dem Jahr 1902: auf Leinwand gemalt, die direkt auf der Wand befestigt war; ein Taufstein, den die Konfirmanden des Jahrganges 1910 gestiftet haben; und die Rosette in der Nordwand der Kirche, diese war bis 1973 von der spätromantischen A. Kiene-Orgel von 1889 umrahmt.
Im Jahr 1934 schon fand die erste große Umgestaltung der Kirche statt. Die Wände wurden mit Holz verkleidet, ebenfalls die Decke, wobei die Balken noch sichtbar bleiben. Das Triptychon wurde von der Wand des Chores abgenommen, und auf Sperrholz aufgezogen, auf die Wand wurde anstelle des Triptychons ein deckenhohes Fresko der Auferstehung vom Kunstmaler Carl Vokke gemalt. Vom Schnitzer Joseph Fortwängler (dem „Schnitzer-Sepp“) wurde eine geschnitzte Kanzel geschaffen, der dazugehörige Altar entstand aber nicht mehr.
Im Jahr 1974 wurde unter der künstlerischen Leitung des Architekten Heinz Dürr die Kirche erneut grundlegend umgestaltet. Die Chorapsis wurde geschlossen, Altar und Kanzel (neu) wurden auf einem neuen Podest dicht bei der Gemeinde positioniert. Die alte Kanzel, der Taufstein, sowie das Chor-Triptychon wurden dem Elztalmuseum als Leihgabe überlassen.
Die Orgelempore wurde in „béton brut“ neu und größer erbaut, darauf fand 1976 eine neue Orgel der Fa. Weigle Orgelbau aus Echterdingen ihren Platz. Prägendes Element waren in diesem Konzept die auf ca. 3m abgehängten Lichtbalken, beidseitig mit Leuchten versehen, um die Sitzplätze im Kirchenschiff zu erhellen. Die Wände wurden mit Rauhputz neu gestaltet und die Decke mit Holzbohlen abgehängt.
Diese Fassung des Innenraumes überzeugte im 21. Jh. nicht mehr recht: die Farbgebung war gealtert, das Beleuchtungskonzept nicht mehr zufriedenstellend, die abgehängten Balken reduzierten fühlbar das Volumen des Raumes, zusätzlich gab es Sanierungsbedarf im Deckenaufbau. Durch den Verkauf des Gemeindehauses gab es zudem einen verstärkten Raumbedarf der Gemeinde für Veranstaltungen im Kirchgebäude. Dazu müsste sich der Kirchraum auch für nicht-gottesdienstliche Veranstaltungen nutzen lassen, das war im Bestand nicht gegeben.
Weitere Informationen zur Geschichte der Kirche und der Gemeinde in Waldkirch enthält das Heft Aus der Geschichte der Evangelischen Kirchengemeinde Waldkirch, erschienen 1987 zum 100-jährigem Jubiläum der Kirche, es ist im Pfarrbüro erhältlich.